兒童感染科主要的工作內容是診斷和治療罹患感染性疾病的病童 。
除疫苗諮詢、門診和住院服務外，也提供其他科別兒童感染症的的會診。
本院合約病毒實驗室成立八年以來，提升了兒童感染性疾病的診斷率和住院醫師的教學品質。
此外，本院為疾病管制局指定的腸病毒重症病例後送醫院。
