本院兒童腸胃科的特色專長於兒童營養、一般兒童腸胃學、以及內視鏡檢查和內視鏡侵入性治療。
到兒童腸胃科求診的病童，最普遍的症狀是腹痛、腹瀉、嘔吐、血便、營養不良等 。
兒童腸胃科一般檢查中，最常見使用腹部超音波 。它是一項既快速又方便的檢查，每年約有二千名病童在本科受檢。
本院是全國唯一配有兒童腸胃科專屬手術室，並由專業兒童麻醉科醫師施行全身麻醉的醫院。
此外，我們也提供全年無休的緊急內視鏡消化道異物移除術和消化道內視鏡止血處置。
我們在台灣領先施行經皮胃造廔口空腸手術 (PEGJ) ，如今已是本科常規手術。
